Bước 1: Tìm hiểu tiêu chuẩn và xác định phạm vi áp dụng: Lãnh đạo cần thấu hiểu ý nghĩa của ISO 22000:2005 đối với phát triển tổ chức, định hướng các hoạt động, xác định mục tiêu và các điều kiện áp dụng cụ thể.
Bước 2: Lập nhóm quản lý an toàn thực phẩm: Áp dụng ISO 22000:2005 cần thành lập một nhóm quản lý an toàn thực phẩm. Nhóm này bao gồm Trưởng nhóm và đại diện của các bộ phận trong phạm vi áp dụng ISO 22000:2005. Trưởng nhóm an toàn thực phẩm thay mặt lãnh đạo cơ sở sản xuất chỉ đạo áp dụng hệ thống theo ISO 22000:2005 và chịu trách nhiệm về lĩnh vực này.
Bước 3: Ðánh giá thực trạng của cơ sở sản xuất thực phẩm so với các yêu cầu của tiêu chuẩn: Cần rà soát các hoạt động, xem xét yêu cầu và mức độ đáp ứng hiện tại của cơ sở sản xuất thực phẩm. Đánh giá này làm nền tảng để hoạch định những nguồn lực cần thay đổi hay bổ sung. Qua đó, cơ sở sản xuất thực phẩm xây dựng các chương trình, dự án chi tiết nhằm đảm bảo kiểm soát các mối nguy hướng đến an toàn thực phẩm vào mọi thời điểm khi tiêu dùng.
Bước 4: Huấn luyện đào tạo với nhiều chương trình thích hợp với từng cấp quản trị cũng như nhân viên. Nội dung đào tạo chính bao gồm ISO 22000:2005, ISO 9000:2005, HACCP, GMP và/hoặc GAP và/hoặc GVP và/hoặc GHP và/hoặc GPP và/hoặc GDP và/hoặc GTP, ISO/TS 22004. Chương trình huấn luyện đào tạo có thể thực hiện gắn liền với các hệ thống khác (như ISO 9001:2000 và/hoặc ISO 14001:2004 và/hoặc SA 8000:2001và/hoặc OHSAS 18001:1999) dưới hình thức tích hợp các hệ thống quản lý trong một cơ sở sản xuất thực phẩm.
Bước 5: Thiết lập hệ thống tài liệu theo ISO 22000:2005: Hệ thống tài liệu được xây dựng và hoàn chỉnh để đáp ứng yêu cầu của tiêu chuẩn và các yêu cầu điều hành của cơ sở sản xuất thực phẩm bao gồm:
Chính sách an toàn thực phẩm.
Các mục tiêu về an toàn thực phẩm.
Các qui trình - thủ tục theo yêu cầu của tiêu chuẩn.
Các hồ sơ theo yêu cầu của tiêu chuẩn.
Các tài liệu cần thiết để tổ chức thiết lập, triển khai và cập nhật có hiệu lực một hệ thống quản lý an toàn thực phẩm.
Bước 6: Triển khai hệ thống quản lý an toàn thực phẩm:
Phổ biến để mọi nhân viên nhận thức đúng về hệ thống tài liệu theo ISO 22000:2005.
Xác định rõ trách nhiệm, quyền hạn liên quan đến từng qui trình cụ thể.
Hướng dẫn nhân viên thực hiện theo các tài liệu đã được phê duyệt.
Bước 7: Kiểm tra xác nhận hệ thống quản lý an toàn thực phẩm và chuẩn bị cho đánh giá chứng nhận bao gồm:
Cơ sở sản xuất thực phẩm tiến hành các cuộc đánh giá nội bộ, thẩm định các kết quả kiểm tra xác nhận riêng lẻ, phân tích kết quả của các hoạt động kiểm tra xác nhận để xác định sự phù hợp của hệ thống quản lý an toàn thực phẩm và tiến hành các hoạt động khắc phục, phòng ngừa cần thiết.
Lựa chọn tổ chức chứng nhận: Cơ sở sản xuất thực phẩm có quyền lựa chọn tổ chức chứng nhận để đánh giá và cấp chứng chỉ.
Đánh giá trước chứng nhận nhằm xác định mức độ hoàn thiện và sự saün sàng của hệ thống quản lý an toàn thực phẩm đồng thời chuẩn bị cho cuộc đánh giá chính thức.
Bước 8: Đánh giá chứng nhận do tổ chức độc lập, khách quan tiến hành nhằm khẳng định tính phù hợp của hệ thống quản lý an toàn thực phẩm với các yêu cầu tiêu chuẩn ISO 22000:2005 và cấp giấy chứng nhận.
Bước 9: Duy trì hệ thống quản lý an toàn thực phẩm sau khi chứng nhận: Cơ sở sản xuất thực phẩm cần tiếp tục duy trì hệ thống quản lý an toàn thực phẩm nhằm đáp ứng yêu cầu của tiêu chuẩn và không ngừng cải tiến hướng đến thỏa mãn công khai yêu cầu của khách hàng và các bên quan tâm.